獲得純化的微生物分離菌株后，首先需判定是原核微生物還是真核微生物。實際上在分離過程中所使用的方法和選擇性培養(yǎng)基已經(jīng)決定了分離菌株的大類的歸屬，從平板菌落的特征和液體培養(yǎng)的性狀都可加以判定。然后，如是原核微生物，便可根據(jù)表所示的經(jīng)典分類鑒定指標進行鑒定，如條件允許，可做碳源利用的BIOLOG-GN分析和16SrRNA序列分析。多項結果結合起來可確定分離菌株的屬和種醫(yī)學`教育網(wǎng)搜集整理。