大腸桿菌的主要基因型包括：與基因重組相關(guān)的基因型（如recA、recB和recC等）、與甲基化相關(guān)的基因型（如dam、dcm、mcrA、mcrB和C、mrr和hsdM等）、與點突變相關(guān)的基因型（如mutS、mutT、dut、ung和uvrB等）、與核酸內(nèi)切酶相關(guān)的基因型（如hsdR、hsdS和endA等）、與終止密碼子相關(guān)的基因型（如supE和supF）、與抗藥性相關(guān)的基因型（gyrA、rpsl和Tn5等）及其他與能量代謝、氨基酸代謝、維生素代謝等相關(guān)的基因型。基因工程中，經(jīng)常使用的大腸桿菌幾乎都來自于K-12菌株醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集整理，也使用由B株和C株來源的大腸桿菌。