分子對(duì)接是將已知三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)中的分子逐一放在靶標(biāo)分子的活性位點(diǎn)處。通過(guò)不斷優(yōu)化受體化合物的位置、構(gòu)象、分子內(nèi)部可旋轉(zhuǎn)鍵的二面角和受體的氨基酸殘基側(cè)鏈和骨架， 尋找受體小分子化合物與靶標(biāo)大分子作用的最佳構(gòu)象， 并預(yù)測(cè)其結(jié)合模式、親和力和通過(guò)打分函數(shù)挑選出接近天然構(gòu)象的與受體親和力最佳的配體的一種理論模擬分子間作用的方法。