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分子對接的一般原理

分子對接是將已知三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中的分子逐一放在靶標(biāo)分子的活性位點處。通過不斷優(yōu)化受體化合物的位置、構(gòu)象、分子內(nèi)部可旋轉(zhuǎn)鍵的二面角和受體的氨基酸殘基側(cè)鏈和骨架， 尋找受體小分子化合物與靶標(biāo)大分子作用的最佳構(gòu)象， 并預(yù)測其結(jié)合模式、親和力和通過打分函數(shù)挑選出接近天然構(gòu)象的與受體親和力最佳的配體的一種理論模擬分子間作用的方法。

分子對接的種類主要包括：

（1）剛體對接：指在對接過程中，研究體系（受體和配體）的構(gòu)象不發(fā)生變化?。適合考察比較大的體系，如蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)間以及蛋白質(zhì)和核酸之間的對接。

（2）半柔性對接：指在對接過程中，研究體系尤其是配體的構(gòu)象允許在一定的范圍內(nèi)變化。適合處理大分子和小分子間的對接，對接過程中，小分子的構(gòu)象一般是可以變化的，但大分子是剛性的。

（3）柔性對接：指在對接過程中，研究體系的構(gòu)象基本上可以自由變化的。一般用于精確考慮分子間的識別情況。由于計算過程中體系的構(gòu)象可以變化，所以計算耗費最大。

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