上海第二醫(yī)科大學：

1985年，市政府批準上海第二醫(yī)學院更名為上海第二醫(yī)科大學。上海市教衛(wèi)黨委決定二醫(yī)正式實行院長負責制。院長對二醫(yī)的行政實行統(tǒng)一領導，對醫(yī)、教、研各項工作全面負責。黨委對行政實行保證監(jiān)督。

3月衛(wèi)生部批準成立上海第二醫(yī)學院臨床藥理研究中心。5月，國家教委批準二醫(yī)增設高級護理專業(yè)，學制五年。市高教局批準成立高級護理系。5月，學校建立社會科學系醫(yī)學教|育網(wǎng)搜集整理。本年度，二醫(yī)大醫(yī)學生物工程研究中心、上海第二醫(yī)科大學傳統(tǒng)醫(yī)學研究中心分別成立。

1986年，經(jīng)國家教委批準，建立衛(wèi)生管理專業(yè)。上海市計劃生育委員會同意二醫(yī)大成立上海市生殖醫(yī)學研究與培訓中心。學校設置成人教育處，撤銷原教務處下屬業(yè)余教育科建制。本年度，學校首次招收醫(yī)學臨床博士生。

1987年，衛(wèi)生部同意在上海第二醫(yī)科大學建立“全國醫(yī)學法語培訓中心”。同年，上海血液研究所、二醫(yī)大口腔醫(yī)學院分別成立。

1988年，經(jīng)國家教委批準上海第二醫(yī)科大學為試辦七年制的高等醫(yī)學院校之一。學校開始招收外國碩士研究生。學校決定成立社會科學部和衛(wèi)生管理系，撤銷原社會科學系。二醫(yī)大與復旦大學建立校際合作，培養(yǎng)臨床醫(yī)學七年制及五年制英文班學生。市高教局批準二醫(yī)大設置醫(yī)學營養(yǎng)專業(yè)，學制五年。同年，上海市整復外科研究所、上海市燒傷研究所分別成立。免疫研究所更名為“上海市免疫遺傳學與免疫病理學合作中心”。

1989年，經(jīng)市高教局批準，成立上海第二醫(yī)科大學基礎醫(yī)學院。市教衛(wèi)辦批復，同意上海第二醫(yī)科大學附屬新華衛(wèi)校、瑞金醫(yī)院護校及九院護校合并為上海第二醫(yī)科大學附屬衛(wèi)生學校。1988年6月至1989年6月先后為上海市第六人民醫(yī)院，上海市紡織局第一、二醫(yī)院，盧灣區(qū)中心醫(yī)院，市醫(yī)學檢驗中心，市兒童醫(yī)院，市精神衛(wèi)生中心等11所醫(yī)院舉行教學醫(yī)院掛牌儀式。

1991年，上海市編制委員會同意建立上海第二醫(yī)科大學附屬上海兒童醫(yī)學中心。中法合作建設的衛(wèi)生部上海第二醫(yī)科大學法語培訓中心在學校揭牌。經(jīng)國家人事部、全國博士后管委會批準，二醫(yī)大設立臨床醫(yī)學博士后流動站。同年，上海市激光醫(yī)學研究所成立。

1992年，二醫(yī)大開始招收外國博士研究生。

1993年，中國國內(nèi)第一家人類基因治療研究中心、二醫(yī)大生物力學研究室、上海市人類基因組研究重點實驗室相繼成立。上海市高教局醫(yī)學細胞生物學重點實驗室在二醫(yī)大掛牌。同年，上海市高級護理中心在瑞金醫(yī)院揭牌。

1994年，二醫(yī)大臨床醫(yī)學教育研究中心成立。國務院學位委員會批準二醫(yī)大為自行審定博士導師的試點單位。

1996年，二醫(yī)大成人教育學院成立。上海市人民政府組織的專家評審委員會對本校申請進入“211工程”進行了部分預審，同意列入國家“211工程”建設項目。

1997年，上海第二醫(yī)科大學同意將上海兒童醫(yī)學中心列為新華醫(yī)院分支機構(gòu)。

1998年，上海消化外科研究所、上海人類基因組研究中心成立。嘉定衛(wèi)校建制歸并上海二醫(yī)大衛(wèi)校。

1999年，上海市小兒先天性心臟病研究所、上海第二醫(yī)科大學小兒血液腫瘤研究中心及二醫(yī)大與中科院上海生命科學研究院共建的“上海生命科學研究院健康科學中心”相繼成立。瑞金醫(yī)院與盧灣區(qū)中心醫(yī)院、上海市政醫(yī)院合作合并正式啟動。

2000年，上海第二醫(yī)科大學全科醫(yī)學培訓中心宣告成立舉行揭牌儀式醫(yī)學教|育網(wǎng)搜集整理。這是上海市成立的第一家全科醫(yī)學培訓中心。上海第二醫(yī)科大學與上海交通大學聯(lián)合組建醫(yī)學內(nèi)植物工程聯(lián)合研究所。

2001年，上海市精神衛(wèi)生院中心與二醫(yī)大實行強強聯(lián)合，共建精神衛(wèi)生臨床醫(yī)學院。上海第二醫(yī)科大學發(fā)育生物學研究中心成立。二醫(yī)護理專業(yè)由五年制改為四年制。

2002年，中法生命科學和基因研究中心、二醫(yī)大公共衛(wèi)生學院、遠程教育學院成立。由中科院上海生命科學研究院和二醫(yī)大聯(lián)合成立的“健康科學中心”舉行揭牌儀式。

2003年，二醫(yī)大護理學院及上海第二醫(yī)科大學微創(chuàng)外科中心成立。

2004年，教育部公布首批國家精品課程，二醫(yī)大王一飛教授領銜的“組織胚胎學”名列其中。二醫(yī)大研究生院、二醫(yī)大“國藥人文與衛(wèi)生管理學院”成立。中法共建的“中國科學院上海巴斯德研究所”、二醫(yī)大與蒙納士大學合作協(xié)議簽字暨中澳衛(wèi)生管理教育研究培訓中心分別揭牌成立。二醫(yī)大與芬蘭北中部綜合大學聯(lián)合創(chuàng)立的“中芬醫(yī)學教育中心”在芬蘭科科拉市揭牌。