菌群失調的常見誘因主要是使用抗生素、同位素、激素、患有慢性消耗性疾病時腸道、呼吸道、泌尿生殖道的功能失常也是重要原因。去除誘因后一般可使菌群復常，也有長期失調難于逆轉的情況。

臨床上常見的菌群失調癥有：醫(yī)學教育|網搜集整理①耐藥性葡萄球菌繁殖成優(yōu)勢菌而發(fā)生腹瀉，偶爾發(fā)生致死性葡萄球菌膿毒血癥；②變形桿菌和假單胞菌生長旺盛并侵入組織發(fā)生腎炎或膀胱炎；③白色念珠菌大量繁殖，引起腸道、肛門或陰道感染，也可發(fā)展成全身感染；④艱難梭菌在結腸內大量繁殖，并產生一種腸毒素及細菌毒素，導致假膜性腸炎。