傷寒桿菌隨污染的水或食物進(jìn)入小腸后，侵入腸粘膜，部分病菌被巨噬細(xì)胞吞噬并在其胞漿內(nèi)繁殖；部分經(jīng)淋巴管進(jìn)入回腸集合淋巴結(jié)，孤立淋巴濾泡及腸系膜淋巴結(jié)中繁殖，然后由胸導(dǎo)管進(jìn)入血流引起短暫的菌血癥。此階段相當(dāng)于臨床上的潛伏期。傷寒桿菌隨血流進(jìn)入肝、脾和其他網(wǎng)狀內(nèi)皮系統(tǒng)繼續(xù)大量繁殖，再次進(jìn)入血流，引起第二次嚴(yán)重菌血癥，并釋放強(qiáng)烈的內(nèi)毒素，引起臨床發(fā)病。造成發(fā)熱等癥狀的機(jī)理仍不完全清楚，多認(rèn)為系菌體裂解后的內(nèi)毒素作用于局部單核—巨噬細(xì)胞釋放內(nèi)致熱原所致。還可能與巨噬細(xì)胞產(chǎn)生單核細(xì)胞活素，花生四烯酸等物質(zhì)有關(guān)。病程的第1～2周，血培養(yǎng)常為陽性，骨髓屬網(wǎng)狀內(nèi)皮系統(tǒng)，細(xì)菌繁殖多，持續(xù)時(shí)間長，培養(yǎng)陽性率最高。病程第2～3周，經(jīng)膽管進(jìn)入腸道的傷寒桿菌，部分再度侵入腸壁淋巴組織，在原已致敏的腸壁淋巴組織中產(chǎn)生嚴(yán)重的炎癥反應(yīng)，引起腫脹、壞死、潰瘍。若病變波及血管則可引起出血，若潰瘍深達(dá)漿膜則致腸穿孔。病程第4～5周，人體免疫力增強(qiáng)，傷寒桿菌從體內(nèi)逐漸清除，組織修復(fù)而痊愈，但約3%可成為慢性帶菌者少數(shù)病人由于免疫功能不足等原因引起復(fù)發(fā)。

傷寒的主要病理特點(diǎn)是全身網(wǎng)狀內(nèi)皮系統(tǒng)中大單核細(xì)胞（巨噬細(xì)胞）的增生性反應(yīng)，以回腸末端集合淋巴結(jié)和孤立淋巴結(jié)最為顯著。此病變鏡檢的最顯著特征是以巨噬細(xì)胞為主的細(xì)胞浸潤，巨噬細(xì)胞有強(qiáng)大吞噬能力，可見胞質(zhì)內(nèi)含有吞噬的淋巴細(xì)胞、紅細(xì)胞、傷寒桿菌及壞死組織碎屑，稱為“傷寒細(xì)胞”，是本病的特征性病變。若傷寒細(xì)胞聚積成團(tuán)，則稱為“傷寒小結(jié)”。除腸道病變外，肝、脾也非常顯著。膽囊呈輕度炎癥病變。少數(shù)患者痊愈后傷寒桿菌仍可在膽囊中繼續(xù)繁殖而成為慢性帶菌者。心臟、腎等臟器也有輕重不一的中毒性病變。