從明代繆希雍《本草經疏》起，明清在藥物理論探討上出現了新的變更，其中有言本草必宗《本經》的尊經派，著力闡發(fā)《神農本草經》的藥物機理；有致力于《神農本草經》原文的輯復工作的；還有以張仲景所用藥物為研究對象，注疏“經方”藥物的。這種尊經復古傾向的產生與清代整個醫(yī)學界的復古思潮有關，與清政府禁固思想文化而產生的乾嘉考據學風也有關。

　　1、注疏《神農本草經》藥物為主的本草著作

　　《本草祟原》為張志聰的未完稿，經其門人高士繼續(xù)完成。他們從藥物生成、形色性味及與病因病機之間的關系入手分析藥理，切于實際，通俗易曉。

　　清代中葉另有姚球撰有《本草經解要》一書，論藥著重在“藥與癥相應”。把藥物氣味功效與人體臟腑功能緊密結合，與《本草祟原》殊途同歸。

　　乾隆年間著名醫(yī)家除大椿撰集了《神農本草經百種錄》，從辨藥物之形氣監(jiān)督來探討藥性，研討精深，多有新意。他針對當時一些不明藥性、濫用藥品的時弊予以抨擊。

　　陳修園撰寫《神農本草經讀》時常結合張仲景用藥法，并結合自身豐富的臨床經驗，頗有建樹。綜上各家的共同特點都是在理論上尊經崇古，但由于以上著作多出于臨床經驗豐富的名醫(yī)之手，故有不少寶貴的用藥經驗體會，頗有新的見地，所以流傳較廣。

　　2、對《神農本革經》等的輯復工作

　　《神農本草經》的輯佚始于南宋，至明代有盧復輯佚本。清代受考據學的直接影響，一些經學家把其余力用在本草著作上，出現了一股小小的輯佚熱潮，孫星衍、孫馮翼所輯《神農本草經》醫(yī)學|教育網搜集整理是各種輯佚本中較突出的一部。孫星衍是清代著名考據學家，孫馮翼是他的學生，仰仗他們淵博的學識、豐富的資料和嚴謹的學風，二孫輯本受到廣泛重視，多次翻刻，影響較大。此后顧觀光在《神農本草經》藥物?？焙涂甲C方面下了一定功夫，輯為新的本子，但其編排次序取自《本草綱目》所列《本經》目錄，未為允當。

　　此外清代對《吳普本草》、《雷公炮炙論》、《新修本草》都作了初步輯復工作。

　　3、注疏經方藥物為主的本草著作

　　清代部分尊經復古者專門討論《傷寒論》、《金匱要略》兩部經典中的藥物黃元御《長沙藥解》，取張仲景方書中161味藥，探討張仲景治病用藥機理。其特點是將論病與用藥議方結合起來，間附個人見解，對當時醫(yī)學中的流弊也多加針砭。

　　鄒澍將張仲景所用173味藥予以疏證，編成《本經疏證》。該書將藥物分為三品，除注疏藥性外，還在毒藥下論述了藥物基原，其特點是結合個人體會，把藥、方、病結合起來論述。

　　此外還有周巖《本草恩辨錄》吳槐綬《南陽藥證匯解》和田伯良《神農本草經原文藥性增解》也都著眼于張仲景用藥法的研究。