由頜骨的錯(cuò)位或畸形所致的骨性錯(cuò)合，并非僅源于牙的不規(guī)則排列，可以為多種原因所造成的。遺傳方式、胚胎發(fā)育缺陷、創(chuàng)傷、功能影響等均起著重要的作用。有關(guān)頜骨的特殊遺傳綜合征或先天缺陷是罕見(jiàn)的，主要因創(chuàng)傷引起的錯(cuò)合也不多見(jiàn)。完美的咬合不一定只出現(xiàn)在原始人群，這一事實(shí)提示我們，理想合的改變是與正常功能協(xié)調(diào)的。

過(guò)去，頜骨的變異與長(zhǎng)期生存及繁衍的過(guò)程相一致。現(xiàn)在，由于飲食的變化，導(dǎo)致頜骨的更大變異。

我們有理由認(rèn)為大多數(shù)中等程度骨性錯(cuò)合是遺傳因素所致，雖然這種遺傳模式與我們的理想咬合概念不一致，但是與可接受的功能相協(xié)調(diào)。據(jù)報(bào)導(dǎo)，安氏Ⅱ類(lèi)錯(cuò)合幾乎全部是由于下頜發(fā)育不足所致。對(duì)大部份個(gè)體來(lái)說(shuō)，有下頜后縮的遺傳傾向，僅有少數(shù)安氏Ⅱ類(lèi)錯(cuò)合是來(lái)自生長(zhǎng)發(fā)育的特殊干擾，而且，任何一個(gè)病例不可能是單純由功能不調(diào)造成的。然而，如果功能不調(diào)存在，則可促進(jìn)安氏Ⅱ頰錯(cuò)合的形成。

較嚴(yán)重的安氏Ⅱ類(lèi)錯(cuò)合病例亦是由這種遺傳模式所致，環(huán)境因素加重了畸形的程度。與安氏Ⅱ類(lèi)錯(cuò)合相反醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)整理，安氏Ⅲ類(lèi)錯(cuò)合是由上頜發(fā)育不足和下頜前突共同造成的。由于下頜位置不正?？墒瓜骂M的過(guò)度生長(zhǎng)，這是髁突持續(xù)偏離關(guān)節(jié)窩刺激下頜生長(zhǎng)的結(jié)果。下頜功能性變化僅對(duì)牙產(chǎn)生影響，但由于呼吸的需要，舌體的大小，咽腔大小等所造成的下頜位置則會(huì)影響頜骨的大小?，F(xiàn)已明確下頜前突有明顯種族或家庭傾向，但是分析遺傳傾向是否是導(dǎo)致下頜過(guò)大的主要因素或者是否導(dǎo)致舌體過(guò)大以及其它可繼發(fā)引起下頜過(guò)大的原因，則無(wú)關(guān)緊要。上頜發(fā)育不足的原因尚不清楚，如果僅僅因單純的環(huán)境因素造成是不可能的。與安氏Ⅱ類(lèi)錯(cuò)合相似，大多數(shù)骨性錯(cuò)合與遺傳性的頜骨各部比例失調(diào)有關(guān)。

在習(xí)慣上，功能改變一直被認(rèn)為與垂直骨性錯(cuò)合，尤其是前牙開(kāi)合有關(guān)。一個(gè)前牙中度開(kāi)合的兒童除非證明有其它問(wèn)題存在，否則均可以認(rèn)為有吮指習(xí)慣。此外，盡管開(kāi)合與吞咽時(shí)舌的活動(dòng)無(wú)關(guān)，但與舌的位置有關(guān)。由鼻咽部部分阻塞所致的舌位置的改變可能對(duì)開(kāi)合形成起重要作用。后牙過(guò)度萌出亦可形成前牙開(kāi)合，而下頜及舌的位置下降可允許后牙的過(guò)度萌出。但是醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)整理，恰如面部前后比例和頜骨的垂直向比例都受遺傳的影響。