本品為局部透皮給藥，全身性不良反應少于口服途徑給藥。在孕婦使用時，藥物可通過胎盤屏障，對胎兒造成不良影響，因此，在孕婦使用本品前應充分權衡利弊。在正確、合理地使用情況下，本品仍是治療懷孕婦女甲亢的一個有效藥物。隨著妊娠的延長，甲亢孕婦的病情可減輕，此時可減少藥物的劑量、部分孕婦在分娩前2-3周可停藥。

甲巰咪唑可經乳汁分泌，因缺乏相關的臨床資料，乳母應禁用。