1.核質(zhì)核質(zhì)又稱擬核，由裸露的雙鏈DNA盤繞成松散的網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)與RNA構(gòu)成，無組蛋白包繞。它相當于細胞核的功能，決定細菌的生物學性狀和遺傳特征。

2.核糖體（或稱核蛋白體）每個細菌可含有萬余個核糖體，它由RNA（占70%）和蛋白質(zhì)（占30%）構(gòu)成，為細菌蛋白質(zhì)合成的場所。鏈霉素和紅霉素等抗生素可與核糖體結(jié)合，而起到抗菌作用。

3.質(zhì)粒質(zhì)粒種類繁多，由閉合環(huán)狀雙鏈DNA構(gòu)成，可自我復制，是核質(zhì)以外的遺傳物質(zhì)，能攜帶多種遺傳性狀，并可通過結(jié)合、轉(zhuǎn)化等方式在菌間傳遞質(zhì)粒，而使細菌獲得新的生物學性狀。主要的質(zhì)粒有耐藥性R質(zhì)粒、編碼性菌毛的F質(zhì)粒、產(chǎn)生大腸菌素的Col質(zhì)粒及產(chǎn)生腸毒素的ST質(zhì)粒和LT質(zhì)粒等。由于質(zhì)粒的結(jié)構(gòu)簡單，在分子生物學研究中被廣泛地用作載體。

4.胞質(zhì)顆粒胞質(zhì)顆粒為細菌貯存營養(yǎng)物質(zhì)的多糖、脂類及多磷酸鹽等。其中異染顆粒為白喉棒狀桿菌、鼠疫耶爾森氏菌和結(jié)核分枝桿菌等所特有的胞質(zhì)顆粒，它由RNA和偏磷酸鹽構(gòu)成，經(jīng)亞甲藍染色呈紫色，此著色特點用于鑒別診斷。