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藥物在和生物大分子作用時，一般是通過鍵合的形式進(jìn)行結(jié)合，這種鍵合形式有共價鍵和非共價鍵兩大類。

鍵合作用最終目的：降低藥物與生物大分子復(fù)合物的能量，增加穩(wěn)定性，發(fā)揮藥理活性。

不限于一種結(jié)合模式：如鹽酸普魯卡因是可逆結(jié)合，產(chǎn)生四種作用（范德華力、偶極－偶極作用、靜電引力、疏水性作用）

1、共價鍵鍵合不可逆過程，如烷化劑類抗腫瘤藥與 DNA 中鳥嘌呤堿基形成共價結(jié)合鍵，產(chǎn)生細(xì)胞毒性。

2、非共價鍵鍵合可逆過程，其鍵合形式有：范德華力、氫鍵、疏水鍵、靜電引力、電荷轉(zhuǎn)移復(fù)合物、偶極相互作用力

（1）氫鍵：氫鍵的生成是由于藥物分子中含有孤對電子的 O、N、S 等原子和與非碳的雜原子以共價鍵相連的氫原子之間形成的弱化學(xué)鍵。

①氫鍵是有機(jī)化學(xué)中最常見的一種非共價作用形式，②也是藥物和生物大分子作用的最基本化學(xué)鍵合形式。

③如磺胺類利尿藥通過氫鍵和碳酸酐酶結(jié)合，其結(jié)合位點與碳酸和碳酸酐酶的結(jié)合位點相同。

另外藥物自身還可以形成分子間氫鍵和分子內(nèi)氫鍵，如水楊酸甲酯，由于形成分子內(nèi)氫鍵，用于肌肉疼痛的治療；而對羥基苯甲酸甲酯的酚羥基則無法形成這種分子內(nèi)氫鍵，對細(xì)菌生長具有抑制作用。

（2）離子-偶極和偶極-偶極相互作用：在藥物和受體分子中，當(dāng)碳原子和其他電負(fù)性較大的原子，如N、0、S、鹵素等成鍵時，由于電負(fù)性較大原子的誘導(dǎo)作用使得電荷分布不均勻，導(dǎo)致電子的不對稱分布，產(chǎn)生電偶極。離子-偶極，偶極-偶極相互作用通常見于羰基類化合物，如乙酰膽堿和受體的作用。

（3）電荷轉(zhuǎn)移復(fù)合物：電荷轉(zhuǎn)移復(fù)合物發(fā)生在缺電子的電子接受體和富電子的電子供給體之間，當(dāng)這兩種分子相結(jié)合時，電子將在電子供給體和電子接受體之間轉(zhuǎn)移，形成電荷轉(zhuǎn)移復(fù)合物。例如：抗瘧藥氯喹可以插入到瘧原蟲的 DNA 堿基對之間形成電荷轉(zhuǎn)移復(fù)合物（4）疏水性相互作用：當(dāng)藥物結(jié)構(gòu)中非極性鏈部分和生物大分子中非極性鏈部分相互作用時，由于相互之間親脂能力比較相近，結(jié)合比較緊密，導(dǎo)致兩者周圍圍繞的、能量較高的水分子層破壞，形成無序狀態(tài)的水分子結(jié)構(gòu)，導(dǎo)致體系的能量降低。

（5）范德華引力：范德華引力來自于分子間暫時偶極產(chǎn)生的相互吸引。范德華引力是非共價鍵鍵合方式中最弱的一種。隨著分子間的距離縮短而加強(qiáng)。

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