醫(yī)學會議中心

會議日期	2019-07-19至 2019-07-22
會議地點	遼寧大連
會議學科	基礎(chǔ)醫(yī)學微生物
主辦單位	中科云暢應用技術(shù)研究院
學分情況	國家級II類

尊敬的老師您好：

近年來，隨著現(xiàn)代分子生物學的發(fā)展，特別是人類基因組計劃的實施，不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關(guān)系復雜，以至于不利用計算機根本無法實現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲和分析。生物信息學大量的使用計算機技術(shù)進行分析工作，這就要求技術(shù)人員熟悉多種分析軟件的使用方法及其在生物各領(lǐng)域的應用技術(shù)。為進一步推動我國生物信息學的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術(shù)水平，北京中科云暢應用技術(shù)研究院在中國電子學會（國家專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地）的支持下舉辦此學習，并由北京中科潤開生物科技有限公司具體承辦，具體事宜通知如下：

指導單位：中國電子學會（國家專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地）

主辦單位：北京中科云暢應用技術(shù)研究院

一、主講專家：

主講專家來中科院等科研機構(gòu)的專家，擁有豐富的科研及工程技術(shù)經(jīng)驗，長期從事生物數(shù)據(jù)分析與挖掘，基因測序等工作，以第一作者發(fā)表Nature，NatureCellBiology，MolecularCell，ScienceTranslationalMedicine，CellRes等雜志40多篇。

二、培訓對象：

大中專院校生物信息、生物計算、生命科學、醫(yī)學、化學、農(nóng)學、計算機科學、數(shù)學類專業(yè)的課程負責人、一線教師、教研室骨干人員、教學管理人員；科研單位從事生物、生命科學、微生物研究的相關(guān)人員；生物、醫(yī)藥、化學及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導與技術(shù)骨干。

三、報名須知：

A類：￥RMB：2900元/人，（包含報名費、培訓費、資料費、證書費）食宿可統(tǒng)一安排，費用自理學員，經(jīng)培訓考試合格后可以獲得：由北京中科云暢應用技術(shù)研究院頒發(fā)的結(jié)業(yè)證書。

B類：￥RMB：3200元/人，（包含報名費、培訓費、資料費、證書費）培訓結(jié)束經(jīng)考核合格，可獲得由中國電子學會頒發(fā)全國電子信息人才能力提升工程專業(yè)《數(shù)據(jù)分析工程師》技術(shù)證書，依據(jù)人力資源與社會保障部《國家級專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地管理辦法》（人社廳發(fā)〔2013〕53號）的要求，本次學習情況，本次學習情況可計入繼續(xù)教育學時并作為對專業(yè)技術(shù)人員考核評價、職稱評聘、聘用和執(zhí)業(yè)注冊的重要依據(jù)。須提交電子版彩色照片，身份證復印件。

請各有關(guān)部門統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報名參加培訓，各單位也可直接報名參加，報名回執(zhí)表請郵件發(fā)送至會務處。

四、時間地點：2019年7月19日——7月22日宏基因組學與16S上機實操班（大連）

（時間安排：第1天報到，授課3天）

五、課程內(nèi)容：

微生物宏基因組學與16S上機實操班課程大綱

一、微生物基因組

1、微生物基因組和轉(zhuǎn)錄組學研究

1.1、微生物基因組研究的意義

1.2、微生物基因組研究概況

1.3、微生物基因組的特點

1.4、微生物轉(zhuǎn)錄組學研究

2、微生物基因組常用軟件介紹

2.1微生物基因組在線圈圖分析

2.2代謝通路分析（KEGG

2.3病原菌耐藥基因鑒定（CARD

2.4細菌基因組島鑒定（Islandviewer）

二、Linux系統(tǒng)操作簡介

2.1Linux簡史

2.2Linux與生物信息學

2.3Linux基本命令

2.4Linux基本操作綜合實踐

三、宏基因組學

1.16SrDNAAMPLICONSEQUENCING法

1.1.測序平臺、引物設計及區(qū)域選擇不同測序平臺、針對細菌、真菌不同微生物實驗設計

1.2.測序量及采樣建議

針對水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境

1.3.分析流程圖

數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預處理、數(shù)據(jù)分析

1.4.結(jié)果解析

1.4.1OTU聚類

1.4.2物種注釋

1.4.3物種分布情況

1.4.4樣品復雜度分析：α多樣性

Coverage

Chao指數(shù)

ACE指數(shù)

Shannon曲線

Richnessrarefaction曲線

1.4.5多樣品比較分析：β多樣性

樣品間物種豐度熱圖

排序分析：

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

Unifrac分析

樣品聚類分析

2.DSS（direct？shotgun？sequencing）法

2.1.分析流程

2.2.功能注釋分析

2.3.代謝途徑解析

四、R語言繪圖

1.1R語言基本介紹

1.2R語言基本運算、向量函數(shù)

1.3R語言數(shù)據(jù)讀入以及導出

ggplot2基本繪圖（條形圖、散點圖、折線圖等）

五、宏轉(zhuǎn)錄組學

1宏轉(zhuǎn)錄組學介紹

2宏轉(zhuǎn)錄組學定義

3宏轉(zhuǎn)錄組研究方法

4宏轉(zhuǎn)錄組研究內(nèi)容

5宏基因組與宏轉(zhuǎn)錄組的差別

六、宏基因組學實踐應用

1.筆記本電腦配置要求建議筆記本內(nèi)存4G以上，64位操作系統(tǒng)

2.針對16SrDNAampliconsequencing分析

2.1.虛擬機安裝：VirtualBox

2.2.16S分析運行環(huán)境搭建：QIIMEVirtualMachine

2.3.實例演示及結(jié)果展示

數(shù)據(jù)預處理OTU聚類

物種注釋OTUtable生成

α多樣性分析序列比對

構(gòu)建進化樹β多樣性分析

3.針對shotgunsequencing分析（只做流程演示講解）

3.1.序列質(zhì)量控制：fastqc

3.2.序列拼接

3.3.基因預測及豐度分析

3.4.物種注釋

3.4.功能注釋

3.5.MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS等軟件介紹

六、會務組：康老師：186-1160-5232（同微信）