復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)院（原上海醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院）創(chuàng)建于1936年，是我國辦學(xué)歷史悠久和最具影響力的高等藥學(xué)院校之一。學(xué)院創(chuàng)立初期稱為國立上海醫(yī)學(xué)院藥學(xué)專修科，繼后分別更名為國立上海醫(yī)學(xué)院藥科、國立上海醫(yī)學(xué)院藥學(xué)院、上海第一醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系、上海醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院。2000年4月，原上海醫(yī)科大學(xué)與原復(fù)旦大學(xué)合并，定名為復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)院。目前藥學(xué)院是全國高等醫(yī)學(xué)教育學(xué)會藥學(xué)教育研究分會副理事長單位。

藥學(xué)院為藥學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)單位，建有藥學(xué)一級學(xué)科博士后流動站。藥學(xué)院學(xué)科齊全、師資力量雄厚，擁有二級學(xué)科博士點5個（藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、藥理學(xué)、生藥學(xué)和生物化學(xué)）、二級學(xué)科碩士點6個（藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、藥理學(xué)、生藥學(xué)、藥物分析學(xué)和生物化學(xué)與分子生物學(xué)），并組建成：三大學(xué)科群，即藥物化學(xué)學(xué)科醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集整理（原上海市重點學(xué)科，現(xiàn)由化學(xué)合成藥物化學(xué)、生物合成藥物化學(xué)、天然藥物化學(xué)和生藥學(xué)組成）、藥劑學(xué)學(xué)科（國家重點學(xué)科，醫(yī)學(xué)教育。網(wǎng)搜集整理現(xiàn)由藥劑學(xué)、物理化學(xué)、放射藥學(xué)、藥物分析化學(xué)和醫(yī)院藥學(xué)組成）和藥理學(xué)學(xué)科（上海市重點學(xué)科，現(xiàn)由基礎(chǔ)藥理學(xué)、臨床藥理學(xué)和生物化學(xué)組成）。