復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)院創(chuàng)建于1936年，是我國(guó)辦學(xué)歷史悠久、學(xué)科齊全、師資力量雄厚的著名藥學(xué)院校之一。創(chuàng)立初期名為國(guó)立上海醫(yī)學(xué)院藥學(xué)專修科，繼后分別更名為國(guó)立上海醫(yī)學(xué)院藥科、國(guó)立上海醫(yī)學(xué)院藥學(xué)院、上海第一醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系、上海醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院。2000年4月，原上海醫(yī)科大學(xué)與復(fù)旦大學(xué)合并，遂定名為復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)院。復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)院為國(guó)家首批博士學(xué)位授予單位并在1998年獲得藥學(xué)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)，1999年建立藥學(xué)一級(jí)學(xué)科博士后流動(dòng)站，2002年與生命科學(xué)學(xué)院聯(lián)合設(shè)立了國(guó)家生命科學(xué)與技術(shù)人才培養(yǎng)基地—生物醫(yī)藥點(diǎn)，2007年藥劑學(xué)科被遴選為國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科，藥理學(xué)科被遴選為上海市重點(diǎn)學(xué)科。目前是全國(guó)高等醫(yī)學(xué)教育學(xué)會(huì)藥學(xué)教育研究分會(huì)副理事長(zhǎng)單位。

藥學(xué)院作為復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)學(xué)科的主體，學(xué)校給予了重點(diǎn)建設(shè)。在“985”一、二、三期和“211”三期建設(shè)中，藥學(xué)院在科研支撐條件、人才和整體科研實(shí)力方面均有顯著提高醫(yī)學(xué)教育網(wǎng)編輯整|理。