前邊所有的一切過程，主要的目的就是為了保證微生物檢驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性。要保證這一點(diǎn)，微生物實(shí)驗(yàn)室必須建立質(zhì)量控制體系，充分考慮到影響檢驗(yàn)結(jié)果的因素并加以控制，可提高微生物檢驗(yàn)工作的質(zhì)量。而且有質(zhì)量保證的樣品是獲得正確檢驗(yàn)結(jié)果的基礎(chǔ)。雖然樣品種類繁多，但不同品種的樣品都要按照國(guó)家規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)方法進(jìn)行采樣，每個(gè)樣品要登記并注明名稱、數(shù)量、批號(hào)、采樣日期等。不同的樣品要采用不同的運(yùn)輸和保存方法，防止樣品在運(yùn)輸和保存過程中微生物數(shù)量的改變。微生物實(shí)驗(yàn)室可根據(jù)各自情況參照國(guó)際食品規(guī)格委員會(huì)（ICMSF）推薦的食品采樣方法和標(biāo)準(zhǔn)建立可靠的質(zhì)量評(píng)價(jià)方法以保證樣品合格。

　　購置培養(yǎng)基和試劑時(shí)要求供應(yīng)商提供產(chǎn)品質(zhì)控證書，盡量選擇通過ISO9001的生產(chǎn)廠家購買。醫(yī)學(xué)教育`網(wǎng)搜集整理培養(yǎng)基和試劑使用前首先通過外觀、批號(hào)、pH值、滅菌要求、選擇性等進(jìn)行初步評(píng)估，還要用陽性對(duì)照菌株做質(zhì)控，按照培養(yǎng)基和試劑標(biāo)簽說明的貯藏條件保存，不同批號(hào)的培養(yǎng)基和試劑不要混合使用。自配的染液每周必做質(zhì)控。如果有條件可參照國(guó)際食品微生物與食品衛(wèi)生委員會(huì)（ICFMH）提供的關(guān)于培養(yǎng)基質(zhì)控方法進(jìn)行質(zhì)控。