水也是微生物存在的天然環(huán)境，水中的細(xì)菌來自土壤、塵埃、污水、人畜排泄物及垃圾等。水中微生物種類及數(shù)量因水源不同而異。一般地面水比地下水含菌數(shù)量多，并易被病原菌污染。在自然界中，水源雖不斷受到污染，但也經(jīng)常地進(jìn)行著自凈作用。日光及紫外線可使表面水中的細(xì)菌死亡，水中原生生物可以吞噬細(xì)菌，藻類和噬菌體能抑制一些細(xì)菌生長；另外水中的微生物常隨一些顆粒下沉于水底污泥中，使水中的細(xì)菌大為減少。

　　水中的病菌如傷寒桿菌、痢疾桿菌、霍亂弧菌、醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理鉤端螺旋體等主要來自人和動物的糞便及污染物。因此，糞便管理在控制和消滅消化道傳染病有重要意義。但直接檢查水中的病原菌是比較困難的，常用測定細(xì)菌總數(shù)和大腸桿菌菌群數(shù)，來判斷水的污染程度，目前我國規(guī)定生活飲用水的標(biāo)準(zhǔn)為1m1水中細(xì)菌總數(shù)不超過100個；每1升水中大腸菌群數(shù)不超過3個。超過此數(shù)，表示水源可能受糞便等污染嚴(yán)重，水中可能有病原菌存在。