過去依靠細(xì)菌的形態(tài)、生化反應(yīng)、抗原特異性、以及噬菌體分型等進(jìn)行了細(xì)菌的分類。這些方法至今仍有實用價值。此外，還開展了細(xì)菌DNA分子中的G+C分類：即不同種的細(xì)菌基因型的差別程度可用細(xì)菌DNA分子中所含的鳥嘌呤和胞嘧啶在四種堿基意量中所占的成分比所反映。親緣關(guān)系密切，細(xì)菌DNA中G+C的含量（Mol%）相同或很接近；關(guān)系遠(yuǎn)者則G+C量相差較大。除作G+C量測定外，還可以采用DNA分子雜交技術(shù)來比較兩種細(xì)菌的DNA鏈核苷酸序列間有無同源性。如果為同一種細(xì)菌則同源性雜交率可為100%.因此，醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理根據(jù)細(xì)菌基因組的相對穩(wěn)定性，可鑒定出細(xì)菌間的相互關(guān)系。