細(xì)菌的分類(lèi)等級(jí)（分類(lèi)單位）和其他生物相同，為界、門(mén)、綱、目、科、屬、種。臨床細(xì)菌檢驗(yàn)常用的分類(lèi)單位是科、屬、種。種是細(xì)菌分類(lèi)的基本單位。形態(tài)學(xué)和生理學(xué)性狀相同的細(xì)菌群體構(gòu)成一個(gè)菌種；性狀相近、關(guān)系密切的若干菌種組成屬；相近的屬歸為科，依次類(lèi)推。在兩個(gè)相鄰等級(jí)之間可添加次要的分類(lèi)單位，如亞門(mén)、亞綱、亞屬、亞種等醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理。

　　同一菌種不同來(lái)源的細(xì)菌稱(chēng)該菌的不同菌株。它們的性狀可以完全相同，也可以有某些差異。具有該種細(xì)菌典型特征的菌株稱(chēng)為該菌的標(biāo)準(zhǔn)菌株，在細(xì)菌的分類(lèi)、鑒定和命名時(shí)都以標(biāo)準(zhǔn)菌株為依據(jù)，標(biāo)準(zhǔn)菌株也可作為質(zhì)量控制的標(biāo)準(zhǔn)。