各種病原生物如細菌、病毒、 螺旋體、寄生蟲等對機體均有較強的免疫原性。微生物雖結構簡單，但化學組成卻相當復雜。因此， 微生物是一個含有多種抗原決定簇的天然抗原復合物。 以細菌為例，就具有表面抗原、鞭毛抗原、菌毛抗原、菌體抗原等， 這些抗原成份均可作為微生物鑒定、分型的依據(jù)，寄生蟲的抗原結構則更為復雜。

　　病原生物的一些代謝產物也是良好的抗原，如細菌外毒素（ exotoxin）化學本質為蛋白質，具有很強的免疫原性， 能刺激機體產生相應的抗體即抗毒素（antitoxin）。外毒素經0.3%～0.4%甲醛處理后，可使其失去毒性而保留免疫原性，稱為類毒素（toxoid）。 類毒素可作為人工自動免疫制劑，在預防相應疾病中起重要作用。