分子生物學分型法又稱DNA分型法：靈敏度高，陳舊微量標本可檢測，克服CDC和MLC的不足，前景廣闊。

　　（一）聚合酶鏈反應與SSP分型法方法

　　采用一系列設計的特異性引物，作HLA基因PCR擴增，一對特異性引物只能擴增出結構與其互補的基因片段，根據引物擴增結果，能確定檢樣的基因型。

　　評價：只需作PCR擴增及PCR產物檢測，快速簡便。

　　（二）PCR-SSO分型法

　　序列特異性寡核苷酸-聚合酶鏈反應（PCR-SSO）是PCR與雜交相結合的技術。關鍵：預先知道Ⅱ類基因的核苷酸序列，設計出恰當的探針。評價：需合成大量DNA探針，操作步驟多，適合大規(guī)模分型和配型醫(yī)學教.育網搜集整理。

　　（三）RFLP與PCR-RFLP分型法

　　限制性片段長度多態(tài)性（RFLP）分析，是最早建立的研究HLA多態(tài)性的DNA分型技術。

　　方法：PCR擴增的基因片段→等位特異的內切酶消化→切成長度不一、數量不等的基因片段→電泳分離，根據一系列內切酶解格局可確定PCR擴增產物的基因型。

　　關鍵：預知Ⅱ類基因的核苷酸序列，并據此找到合適的內切酶。

　　評價：不需同位素，簡便，適合小規(guī)模分型。

　　（四）PCR-SSCP分型法

　　單鏈構象特異性-聚合酶鏈反應（PCR-SSCP），是以待測基因PCR擴增為基礎，對擴增的DNA單鏈進行多態(tài)性分析的HLA分型方法。該法簡單、快速、精確，已初步應用于異基因骨髓移植的配型工作。

　　（五）SBT分型法

　　基于序列的HLA分型法，是一種通過對擴增后的HLA基因片段進行核酸序列測定，從而判斷HLA型別的方法。

　　方法：PCR擴增出的HLA基因片段純化，自動測序儀測序醫(yī)學教.育網搜集整理。

　　評價：直接、精確、價格昂貴，主要用于新等位基因的鑒定。