關于微生物的發(fā)現(xiàn)，首先觀察到微生物的是荷蘭人列文虎克（Antory Van Leeuwenhoek，1632～1723）。他于1676年用自磨鏡片制造了世界上第一架顯微鏡（約放大40～270倍），并從雨水、池塘水等標本中第一次觀察和描述了各種形態(tài)的微生物，為微生物的存在提供了有力證據(jù)，亦為微生物形態(tài)學的建立奠定了基礎。

19世紀60年代，歐洲一些國家占重要經(jīng)濟地位的釀酒的工業(yè)和蠶絲業(yè)發(fā)生酒類變質和蠶病危害等，促進了人們對微生物的研究。法國科學家巴斯德（Louis Pasteur，1822～1895）首先實驗證明有機物質的發(fā)酵與腐敗是由微生物所引起。而酒類變質是因污染了雜菌，從而推翻了當時盛行的自然發(fā)生說。巴斯德的研究開創(chuàng)了微生物的生理學時代。人們認識到不同微生物間不僅有形態(tài)學上的差異，在生理學特性上亦有所不同，進一步肯定了微生物在自然界中所起的重要作用。自此，微生物開始成為一門獨立學科。

巴斯德創(chuàng)用的加溫處理以防酒類變質的消毒法，就是至今仍沿用于酒類和乳類的巴氏消毒法。在巴斯德的影響下，英國外科醫(yī)生李斯德（Joseph Lister，1827～1912）創(chuàng)用石炭酸噴灑手術室和煮沸手術用具，為防腐、消毒以及無菌操作打下基礎。

微生物學的另一奠基人是德國學者郭霍（Robert Koch，1843～1910）。醫(yī)學`教育網(wǎng)搜集整理他創(chuàng)用固體培養(yǎng)基，可將細菌從環(huán)境或病人排泄物等標本中分離成單一菌落，便于對各種細菌分別研究。同時又創(chuàng)用了染色方法和實驗性動物感染，為發(fā)現(xiàn)各種傳染病的病原體提供了有利條件。在19世紀的最后20年中，大多數(shù)細菌性傳染病的病原體由郭霍和在他帶動下的一大批學者發(fā)現(xiàn)并分離培養(yǎng)成功。

俄國學者伊凡諾夫斯基（Nвановский）于1892年發(fā)現(xiàn)了第一種病毒即煙草花葉病病毒。1897年Loeffler和Frosch發(fā)現(xiàn)動物口蹄疫病毒。1901年美國學者Walter-Reed首先分離出對人類致病的黃熱病毒。1915年英國學者Twort發(fā)現(xiàn)了細菌病毒（噬菌體）。以后相繼分離出人類和動、植物的許多病毒。

免疫學的興起 18世紀末，英國琴納（Edward Jenner，1749～1823）創(chuàng)用牛痘預防天花；隨后巴斯德研制雞霍亂、炭疸和狂犬病疫苗成功，為免疫學和預防醫(yī)學開辟了途徑。人們對抗感染免疫的本質的認識是從19世紀末開始的。德國學者Behring在1891年用含白喉抗毒素的動物免疫血清成功地治愈一白喉患兒，引起科學家們注意從血清中尋找殺菌物質，導致血清學的發(fā)展。由于各人研究的領域和重點有別，當時關于機體抗感染免疫的解釋存在兩種不同的學術觀點：以歐立希（Poul Ehrlich，1854～1916）為代表的體液免疫學派認為機體的免疫力與血液及其他體液中的殺菌物質有關，主要是特異性抗體的作用；而以梅契尼科夫為代表的細胞免疫學派則認為吞噬細胞的作用才是機體免疫力的主要因素。醫(yī)學`教育網(wǎng)搜集整理不久，Wright在血清中發(fā)現(xiàn)了調理素，并證明吞噬細胞的作用在體液因素參與下可大為增強，兩種免疫因素是相輔相成的，從而使人們對免疫機理有了較全面的認識，促進了免疫學的進一步發(fā)展。

化學治療劑和抗生素的發(fā)明首先合成化學治療劑的是歐立希，他在1910年合成治療梅毒的砷凡納明，后又合成新砷凡納明，開創(chuàng)了微生物性疾病的化學治療途徑。醫(yī)學`教育網(wǎng)搜集整理以后又有一系列磺胺藥相繼合成，在治療傳染性疾病中廣泛應用。1929年Fleming首先發(fā)現(xiàn)青霉菌產(chǎn)生的青霉素能抑制金黃色葡萄球菌的生長，但直到1940年Florey等將青霉菌培養(yǎng)液加以提純，才獲得青霉素純品，并用于治療感染性疾病，取得了驚人的效果。青霉素的發(fā)現(xiàn)和應用極大地鼓舞了微生物學家，隨后鏈霉素、氯霉素、金霉素、土霉素、四環(huán)素、紅霉素等抗生素不斷被發(fā)現(xiàn)并廣泛應用于臨床。