人體表以及與外界相通腔道中的正常菌群，可以通過它們的代謝產(chǎn)物對抗病原菌入侵。

例如皮膚上的痤瘡丙酸菌（Propionibacterium acnes）能產(chǎn)生抗菌性脂類、抑制金黃色葡萄球菌和化膿性鏈球菌在皮膚上生長；

腸道中的某些厭氧菌能產(chǎn)生脂肪酸阻止沙門氏菌在局部生存；

腸道中大腸桿菌產(chǎn)生的大腸菌毒和酸性產(chǎn)物能抑制痢疾桿菌、金黃色葡萄球菌；

咽部的草綠色鏈球菌似能阻止肺炎球菌在局部生長醫(yī)學(xué)教育網(wǎng)搜及\整理；

鼻腔的表皮葡萄球菌和類白喉?xiàng)U菌能妨礙金黃色葡萄球菌定居等。當(dāng)這種拮抗作用受影響時(shí)，則可發(fā)生菌群失調(diào)癥。