臨床應用肌注時，少數病人有局部疼痛；陰道內給藥時，個別病例出現陰道充血。上述反應在停藥后均消失。臨床應用個別也有引起大皰性表皮松解萎縮型皮炎或藥疹、過敏性紫癜、過敏性休克乃至死亡。

早在1988年，人們已經注意到，魚腥草注射液可能會有嚴重不良反應，相應的監(jiān)測從那個時候就已經開始； 2003年8月，國家藥品不良反應監(jiān)測中心在《藥品不良反應信息通報》中向社會通報了魚腥草注射液引起的嚴重不良反應的情況，并提醒醫(yī)生和患者慎用這類藥品。

2006年2月22日，浙江省金華市一4歲女孩，因治療呼吸道感染，在靜脈滴注魚腥草注射液過程中，出現抽搐昏迷的嚴重不良反應,后昏迷達3個多月，經搶救脫離危險。

2006年4月8日，湖北省漢陽市一3歲男孩在靜脈滴注魚腥草注射液過程中，出現了過敏性休克的不良反應，導致死亡。

2006年5月17日，廣東省東莞市一4歲男孩，因鼻炎靜脈滴注魚腥草注射液后，出現了過敏性皮疹的嚴重不良反應。

2006年5月19日，江蘇省張家港市一7歲女孩，因咽喉發(fā)炎，在靜脈滴注魚腥草注射液過程中，出現呼吸困難、休克的嚴重不良反應。后經及時搶救脫離危險。

2006年6月1日起國家食品藥品監(jiān)督管理局日前宣布，在全國范圍內暫停使用和審批魚腥草注射液等7個注射劑。這7個注射劑都是含魚腥草或新魚腥草素鈉的注射劑，包括：魚腥草注射液，復方蒲公英注射液、魚金注射液、炎毒清注射液、新魚腥草素鈉注射液，新魚腥草素鈉氯化鈉注射液和注射用新魚腥草素鈉。