根據(jù)以上職責，省衛(wèi)生廳設11個職能處（室）：

　　（一）辦公室（外事辦公室）

　　組織綜合性政策調研和政策擬定，協(xié)調機關政務；制定廳機關各項工作制度；負責會議組織、文電處理、機要保密、檔案管理、新聞宣傳、政務信息、行政信訪、醫(yī)學|教育網搜集整理督查督辦、機關事務和外事管理工作；負責廳機關財務管理。

　　（二）人事處

　　研究制定全省衛(wèi)生人才發(fā)展規(guī)劃；負責廳機關及直屬單位干部人事、勞動工資、機構編制等工作；負責全省衛(wèi)生技術人員的資格認定工作。

　　（三）規(guī)劃財務處

　　研究提出衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展規(guī)劃；統(tǒng)籌規(guī)劃與協(xié)調全省衛(wèi)生資源配置；指導監(jiān)督各地區(qū)域衛(wèi)生規(guī)劃的制定和實施；指導全省衛(wèi)生財務管理；負責全省國外衛(wèi)生貸款的監(jiān)督管理工作；研究提出醫(yī)療衛(wèi)生服務價格建議；負責全省衛(wèi)生信息管理和統(tǒng)計工作；負責指導監(jiān)督直屬單位財務管理及基本建設、裝備、國有資產管理。

　　（四）衛(wèi)生法制與監(jiān)督處

　　組織協(xié)調衛(wèi)生法規(guī)、規(guī)章的擬定工作；負責衛(wèi)生行政復議和衛(wèi)生執(zhí)法的監(jiān)督；開展綜合性的衛(wèi)生法制宣傳教育；監(jiān)督管理傳染病防治和食品、職業(yè)、環(huán)境、放射、學校衛(wèi)生；負責食品、化妝品、保健品、生活飲用水、消毒產品等健康相關產品審批、審核工作；對預防性健康檢查單位進行資格認證。

　　（五）基層衛(wèi)生與婦幼保健處

　　研究擬定農村衛(wèi)生、社區(qū)衛(wèi)生服務發(fā)展規(guī)劃和服務標準；指導初級衛(wèi)生保健規(guī)劃的實施；研究城市基層衛(wèi)生服務體系的改革；擬定婦幼衛(wèi)生和提高出生人口素質發(fā)展的規(guī)劃、醫(yī)學|教育網搜集整理政策、措施和技術標準；監(jiān)督母嬰保健專項技術的實施；統(tǒng)籌協(xié)調健康教育工作。

　　（六）醫(yī)政處

　　研究并指導醫(yī)療機構改革；組織實施醫(yī)療機構發(fā)展規(guī)劃；貫徹醫(yī)療機構管理法規(guī)和服務標準；執(zhí)行醫(yī)務人員執(zhí)業(yè)標準；研究制定并實施地方醫(yī)療質量標準和服務規(guī)范；監(jiān)督醫(yī)療機構醫(yī)療服務質量；依法監(jiān)督管理血站、單采血漿站的采供血和臨床用血質量；協(xié)助有關地方和部門對重大人員傷亡事件組織緊急救護；負責醫(yī)療糾紛信訪工作。

　　（七）疾病控制處（吉林省愛國衛(wèi)生運動委員會辦公室）

　　擬定傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病及與公共衛(wèi)生相關疾病的防治規(guī)劃和措施；組織對重大傳染病、地方病的綜合防治；組織調度全省的技術力量，對重大突發(fā)疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發(fā)生和蔓延；承辦省愛國衛(wèi)生運動委員會日常工作。

　　（八）科技教育處

　　研究擬定重點醫(yī)學科技發(fā)展規(guī)劃，確定衛(wèi)生科技優(yōu)先發(fā)展領域，組織協(xié)調重點醫(yī)藥科研攻關，指導醫(yī)學科技成果的普及應用工作；組織研究醫(yī)學衛(wèi)生技術標準；指導醫(yī)學教育工作。

　　（九）保健辦公室

　　負責省委保健委員會確定的保健對象的醫(yī)療保健工作，按規(guī)定管理省直各部門有關干部的醫(yī)療保健工作。

　　（十）中醫(yī)藥管理局

　　貫徹國家衛(wèi)生、藥品的有關法律、法規(guī)和國家對中醫(yī)、中醫(yī)中藥結合、中西醫(yī)結合以及民族醫(yī)藥的方針、政策；研究擬定全省中醫(yī)、中醫(yī)中藥結合、中西醫(yī)結合和民族醫(yī)藥發(fā)展戰(zhàn)略并組織實施；規(guī)劃、指導和協(xié)調中醫(yī)醫(yī)療、科研、教學機構的結構布局及其運行機制的改革；監(jiān)督管理各類中醫(yī)醫(yī)療機構醫(yī)學|教育網搜集整理；貫徹中醫(yī)醫(yī)務人員執(zhí)業(yè)標準和服務規(guī)范；指導中醫(yī)藥教育及人才培養(yǎng)工作；管理指導中醫(yī)師承教育；負責中醫(yī)藥科研管理及科研成果轉化；組織協(xié)調中醫(yī)藥現(xiàn)代化工作；指導和協(xié)調中醫(yī)藥對外學術交流與技術合作。

　　（十一）老干部處

　　負責機關離退休干部的管理服務工作，指導直屬單位老干部工作。

　　機關黨委。負責機關及在長直屬單位的黨群工作。