在顯微鏡下區(qū)分細菌和真菌，主要可以通過觀察它們的形態(tài)、大小和結(jié)構(gòu)特征來進行。下面是一些具體的區(qū)別點：
1. 形態(tài)差異：細菌的形狀相對單一，常見有球形（如葡萄球菌）、桿狀（如大腸桿菌）或螺旋形（如螺旋體）。而真菌則形態(tài)多樣，可以是單細胞的酵母型（圓形或卵圓形），也可以形成絲狀結(jié)構(gòu)即菌絲。
2. 大小不同：一般來說，細菌個體較小，直徑大約為0.5-5微米；相比之下，大多數(shù)真菌細胞較大，尤其是它們的菌絲體，寬度可達3-10微米甚至更大。
3. 結(jié)構(gòu)特點：
   - 細菌沒有真正的細胞核，屬于原核生物。其DNA通常以環(huán)狀染色體的形式存在于細胞質(zhì)中。
   - 真菌具有明確的細胞核界限，是真核生物。它們的細胞核由核膜包裹，并且在分裂過程中可見明顯的有絲分裂現(xiàn)象。
4. 染色反應(yīng)：使用不同的染色方法可以幫助我們更好地識別這兩種微生物。例如，革蘭氏染色可以將細菌分為兩大類（陽性菌和陰性菌），而真菌通常對酸性復(fù)紅等特殊染料具有較強的親和力，在顯微鏡下呈現(xiàn)特定的顏色變化。
5. 生長方式：觀察培養(yǎng)基上的生長情況也是區(qū)分兩者的一個方法。細菌在固體培養(yǎng)基上形成的是圓形、邊緣整齊的菌落；而真菌則可能呈現(xiàn)出絨毛狀、棉絮狀或蜘蛛網(wǎng)狀等形態(tài)各異的菌絲體。

通過上述特征，可以在顯微鏡下較為準確地區(qū)分出細菌與真菌。但在實際操作中，還需要結(jié)合具體的臨床樣本和實驗室條件來綜合判斷。