RNA聚合酶識別啟動子序列的過程是通過特定的蛋白質- DNA相互作用來實現(xiàn)的。在原核生物中，RNA聚合酶本身具有能夠直接識別啟動子區(qū)域的能力，但在真核生物中，這個過程更為復雜，需要一系列轉錄因子的幫助。

對于原核生物來說，RNA聚合酶的核心酶部分與一個稱為σ因子（sigma factor）的小亞基結合形成全酶。這個σ因子負責識別DNA上的特定序列即啟動子區(qū)。啟動子通常位于基因的上游區(qū)域，大約在-10和-35位置有兩個保守的六堿基序列，分別被稱為Pribnow盒（或TATA盒，在真核生物中）和-35區(qū)。當全酶沿DNA滑動時，σ因子可以與這些特定位點結合，使得RNA聚合酶能夠準確地?？吭趩幼由?，并開始轉錄過程。

而在真核生物中，啟動子的結構更加復雜，通常包含多個元件如TATA盒、CAAT盒等。這些元件需要特定的轉錄因子來識別并結合。例如，TATA盒由通用轉錄因子TFIID中的TBP亞單位特異性地識別和結合。隨后其他轉錄因子也會陸續(xù)被招募到啟動子區(qū)域形成一個大的復合物，最終將RNA聚合酶II引導至正確的起始位點，開始基因的轉錄。

總之，無論是原核還是真核生物，RNA聚合酶都是通過與啟動子序列上的特定基序相結合或借助于其他輔助蛋白（如σ因子和各種轉錄因子）的作用來實現(xiàn)對啟動子的選擇性識別。