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一般變構酶分子上有二個以上的底物結合位點。當底物與一個亞基上的活性中心結合后，通過構象的改變，可增強其他亞基的活性中心與底物的結合，出現(xiàn)正協(xié)同效應。使其底物濃度曲線呈S形。即底物濃度低時，酶活性的增加較慢，底物濃度高到一定程度后，酶活性顯著加強，最終達到最大值Vmax.多數情況下，底物對其變構酶的作用都表現(xiàn)正協(xié)同效應。

但有時，一個底物與一個亞基的活性中心結合后，可降低其他亞基的活性中心與底物的結合，表現(xiàn)負協(xié)同效應。如 3-磷酸甘油醛脫氫酶對NAD+的結合為負協(xié)同效應。